🔥

Тред (Дима Борисевич)


AlphaFold - deepmind.com/research/case-…, alphafold.ebi.ac.uk Просто невозможно пройти мимо. Нейросеть для предсказания фолдинга белков.

О чем речь - в наших клетках организма (почти) все функции выполняют сложные наномашины - белкИ. Но мы не знаем, как многие из них выглядят, а те что знаем - знаем плохо. Хотя в теории, последовательность аминокислот (букв) белка почти полностью определяет его 3D-структуру.

Алгоритмы предсказания структуры по последовательности работают только для простых белков. Прогресс измеряет бенчмарк CASP, который регулярно берёт новейшие, не опубликованные, экспериментально полученные структуры, и оценивает алгоритмы. AplhaFold сделал хороший скачок в AUC.

AlphaFold, как мне кажется, немного перехайплен. Но в целом, область предсказания структуры белков и других биомолекул (и близкая к ней "молекулярная динамика", предсказывающая движение этих молекул) - это несомненно крутая и очень сложная область биоинформатики, за ней будущее.

Посмотрите на эту красоту!
notion image

Дима БорисевичДима Борисевич