Биоинформатика - это очень обширная область. Сюда входят: - математики, которые делают сложные алгоритмы биологам (популярность падает) - программисты, которые делают ПО для биомедицинских устройств - data scientist'ы, которые анализируют данные и пр.
Кто такой биоинформатик
Говоря просто, я DS/программист, который приходит к биологам и врачам и делает их работу в 10 раз проще и в 100 раз быстрее.
[описание честно украдено у самого себя из прошлого - twitter.com/abroadunderhoo…]
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fpbs.twimg.com%2Fmedia%2FE-sXltuXEAcPXDU.jpg?table=block&id=0e5fbca0-b932-4551-aa6d-e2b05a05be2d&cache=v2)
В области DS биоинформатики занимаются:
- пре-процессингом research-use only данных с приборов (и его автоматизации)
- построением дашбордов "про биологию / медицину"
- статистическим анализом результатов (от регрессий до навороченных библиотек)
- построением банков данных
- etc.
Есть очень много разных областей, которые называют "биоинформатика", "системная биология", "вычислительная биология", "биостатистика" и т.п. Я называю биоинформатикой любое сочетание биологии/медицины и DS/программирования и/или статистики/математики (обязательная картинка)
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fpbs.twimg.com%2Fmedia%2FE-sXROeXEAExn0G.jpg?table=block&id=c5c17008-e7b7-49cc-a592-3474d72903ef&cache=v2)
На английском языке могу порекомендовать вот этот замечательный и совершенно недооценённый канал про биоинформатику - youtube.com/watch?v=MuZAsI…
Люди, которые сделали интерактивный дашборд с числом случаев короны в Дании - ssi.dk/covid19data - в каком-то смысле биоинформатики.
Люди, сделавшие каталог результатов GWAS исследований ebi.ac.uk/gwas/ - тоже.
Пример пре-процессинга и анализа данных визуализировать сложнее, но именно на эти позиции нанимают большинство биоинформатиков. Вот, например, очень хороший и стабильный, и в целом считающийся простым, пайплайн анализа данных секвенирования:
![notion image](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fpbs.twimg.com%2Fmedia%2FE-sZl_LWYAEehx0.jpg?table=block&id=16ce7397-aa3d-4613-b3e2-63247bd193df&cache=v2)
Я пришел в биоинформатику с математическим+программистским бэкграундом, но это скорее исключение. Чаще биологи начинают заниматься анализом своих данных, и приходят к биоинформатике. Поговорим о том, почему так, когда будем обсуждать рынок труда.
![Дима Борисевич](https://www.notion.so/image/https%3A%2F%2Fi.imgur.com%2FC83SdUm.jpeg?table=block&id=cad718eb-4c00-4eab-b264-ec74abf45cca&cache=v2)